深圳加工贸易企业积极应对加快加工贸易升级、优化进出口商品结构的新形势，依靠自主创新、制定品牌战略和国际化战略。2006年，深圳加工贸易高新技术产品出口523.1亿美元，占加工贸易出口的56.9%，对加工贸易出口增长的贡献率为68%；其中加工贸易电子信息产品出口514亿美元，同比增长26.63%。

依靠自主创新，在高端领域发力，是深圳加工贸易发展的显著特征。世界500强企业目前已有141家落户深圳，杜邦、奥林巴斯、IBM、三洋等一大批跨国公司相继在深圳建起了研发中心或加工贸易子企业群。深圳市已拥有国家和省市两级企业技术中心共39家，近半加工贸易企业技术中心与国内外重点大学及研究院所联合开办或在海外开设研发机构。有一成左右的加工贸易企业开始拥有自主品牌，在加工贸易自有品牌中，有名牌商标35个，名牌产品47个。